Época Prehispánica

Loreto es considerado el asentamiento humano más antiguo de la península de Baja California con una antigüedad de 12,000 años. 

Actualmente, es posible observar extraordinarias pinturas rupestres y petroglifos en regiones cercanas al desarrollo turístico. 

Estas pinturas son espectaculares murales pintados sobre rocas, representando formas semihumanas y animales en escenas que pudieran ser ceremonias rituales, peregrinajes, cacerías o batallas. Todos estos dibujos son hechos a tamaños mayores a los naturales.

En tiempos más recientes, el territorio  fue asentamiento de las tribus cochimies y guaycuras  y era denominado Conchó. Estos primeros pobladores eran nómadas y vivieron en los exuberantes cañones aprovechando los abundantes recursos marinos y vida silvestre en las montañas de la Sierra de la Giganta.

Época Virreinal

En la época de la conquista española, durante más de ciento cincuenta años se tuvieron fracasados intentos por penetrar en California y no fue sino hasta el 19 de octubre de 1697, cuando el sacerdote jesuita Juan María Salvatierra arribó a estas tierras, después de gestionar licencias de sus superiores religiosos y del Virrey de Nueva España y buscar benefactores. Seis días después, el 25, entronizada la imagen de Nuestra Señora de Loreto, hasta hoy venerada allí, comenzó a existir la misión que ostenta tal nombre. En esta fecha se realizó la ceremonia de posesión en nombre del rey católico de España.

Esta fue la primera misión establecida en el área de California y estaba compuesta por la iglesia, varios edificios, una fortaleza y el cuartel para la guarnición. De ese legado quedan aún en pie el viejo templo, la casa rural convertida en museo y el edificio municipal.