Las pinturas rupestres que se han encontrado en las cercanías de San José del Cabo sugieren que la región estuvo habitada desde tiempos muy remotos.

Posteriormente, se establecieron en la península las tribus de los Pericú. Estos eran hombres fornidos que llamaron a la región Añiuti.

Cortés visitó el área por primera vez en 1535. Subsecuentemente, el puerto fue usado como un refugio para los galeones que regresaban de la ruta de Manila y entonces fue conocido como Aguada Segura y San Bernabé.

En estos tiempos fue un lugar muy visitado por los piratas. En el siglo XVII los misioneros europeos arribaron y establecieron las misiones. En 1730 es fundada la Misión de San José del Cabo por el padre visitador José Echeverría y el padre jesuita Nicolás Tamaral; sin embargo, su colonización no fue muy exitosa, ya que los misioneros trajeron enfermedades que diezmaron considerablemente la población.

Junto con los piratas algunos balleneros comenzaron a llegar a Los Cabos y la pesca se convirtió en la principal actividad económica de la región.

En el poblado de San José del Cabo, a cargo de Fernando de la Toba, se jura y se proclama, por segunda vez, en 1822, la Independencia de México en el Territorio de Baja California. 

En 1847, durante la invasión norteamericana, en el poblado de San José del Cabo se dio la defensa del territorio mexicano, y allí fue abatido el teniente Antonio Mijares, quien murió en forma heroica. 

San José del Cabo inicia sus actividades como cabecera municipal del municipio de Los Cabos en el año de 1928.

A principios del siglo XX una empacadora de atún fue construida en Cabo San Lucas. Esta empacadora se cerró a finales de los años 60’s y desde entonces se comenzó a impulsar el turismo. 

En los años 40‘s y 50’s el lugar era conocido por algunas personas que llegaban con sus yates a pescar y desde entonces la infraestructura turística ha crecido y se ha convertido en uno de los lugares mas conocidos a nivel mundial.

En 1981, el Congreso Estatal aprueba la creación del cuarto Municipio de Los Cabos.