El reinado tarascó se inaugura con Tariácuri, primer cacique a quien se aplicó el título de Caltzontzin, equivalente al de monarca, esto se realiza en Pátzcuaro; de esta manera, Pátzcuaro se convierte en la primera capital de los tarascos. Tariácuri, fundador del imperio tarascó, dividió a la región en tres señoríos Ihuatzio, Tzintzuntzan y Pátzcuaro.

En este último lugar lo encomendó a Hiquigare, quien murió sin tener descendencia, en virtud de lo cual el poder se concentró en Tzintzuntzan, que pasó a ser la nueva capital tarasca, quedando Pátzcuaro como centro ceremonial y lugar de recreo.

Época Virreinal

A la llegada de los españoles a Michoacán, en Pátzcuaro se refugiaron en actitud de resistencia, los chichimecas o tarascos que no aceptaban su rendición. Se hicieron fuertes en un lugar que en la actualidad es un barrio conocido como “Barrio Fuerte”.

Es en la capilla del Cristo, iglesia edificada por Don Vasco de Quiroga, en donde se realizó la entrevista entre Tanganxoan II y Cristóbal de Olid, en la cual al bajarse de su caballo el jefe español y tenderle sus brazos al monarca, éste apresuró el paso e hinco una rodilla en presencia del extranjero. Mudos y pasmados contemplaban este acto de humillación los millares de espectadores. Aún hoy en día, él sitió en que se verificó el encuentro conserva el nombre de “El Humilladero”.

En 1526, llega Nuño de Guzmán como Presidente de la Audiencia y comete innumerables crímenes, que culminaron con el tormento y muerte de Taganxoan II, último Caltzontzin tarasco. Ante esto, los habitantes de Michoacán y principalmente de Pátzcuaro, huyeron a las montañas y la región quedó despoblada.

En 1538, siguiendo el proceso de la conquista, ya establecidos los españoles en la antigua capital tarasca, se fundó el Obispado de Michoacán, siendo el primer Obispo Don Vasco de Quiroga, quien trasladó la capital de la provincia y la sede episcopal a Pátzcuaro. Mediante Real Cédula de fecha 26 de julio de 1539, se autorizó el cambio de capital de la provincia.

En 1540, se inició el repoblamiento de Pátzcuaro. Vasco de Quiroga fue quien llevó varios indios y varias familias de españoles para darle mayor vida al lugar y es por esto, y por toda su labor episcopal, que algunos historiadores consideran a Vasco de Quiroga el “verdadero fundador de Pátzcuaro”. De esta fecha data también la fundación del Colegio de San Nicolás Obispo.

Al trasladarse la sede episcopal de Tzintzuntzan a Pátzcuaro, se trasladó también el título de la Ciudad de Michoacán, expedido para Tzintzuntzan. Se convirtió en la Ciudad de Michoacán y Tzintzuntzan fue su barrio. En 1553, Pátzcuaro obtuvo la confirmación del título de Ciudad y su escudo de armas.

Don Vasco de Quiroga inició la edificación de su iglesia catedral, en el sitio donde había estado el gran templo dedicado a la diosa Cueráppari. El proyecto que pretendía ser el templo más formidable de América, fue declarado ambicioso e inaceptable por España y como consecuencia, se suspendieron las obras quedando como catedral un edificio de una sola nave que es el que se conserva hasta la actualidad.

En 1575, diez años después de la muerte de Quiroga, se inició la decadencia de Pátzcuaro, al cambiarse las autoridades civiles a la recién fundada Valladolid. En 1579 y 1580, las autoridades eclesiásticas y el colegio de San Nicolás se trasladan también a Valladolid.

En 1754 en la ciudad de Pátzcuaro había dos congregaciones, una formada por franciscanos y la otra por agustinos. Los primeros cubrían unos barrios de la cabecera y dos pueblos llamados San Andrés Thocuaro y San Miguel Nocuchepo.

Movimiento de Independencia y Siglo XIX

Durante la Revolución de independencia, Pátzcuaro sufrió varios ataques. En esta lucha destacaron por su valiente participación, el padre Manuel de la Torres Lloreda, que tomó parte en la conspiración de Valladolid, fue diputado al Primer Congreso Constituyente de Michoacán y autor del proyecto de la primera constitución política michoacana; y la heroína Doña Gertrudis Bocanegra de Lazo de la Vega, que fue fusilada por los realistas en la Plaza Mayor de Pátzcuaro, el 10 de octubre de 1817.

Con la división política que sufrió el Estado en 1824, Pátzcuaro quedó como cabecera del Distrito XII del Departamento Oeste. El 10 de diciembre de 1831, se elevó a la categoría de municipio, por la Ley Territorial de ese año.

En la guerra de Reforma, Pátzcuaro se constituyó en un cerro conservador, pronunciándose a favor del imperio de 1867.

El General Régules, luchador republicano, ataca a la ciudad el 4 de enero y después de un sangriento enfrentamiento, logra posesionarse de la ciudad y nombra autoridades liberales.

En la época porfirista fue asiento de grandes terratenientes, comerciantes y dueños de haciendas cercanas. En 1886, se inauguró el ferrocarril Morelia-Pátzcuaro, lo que propició la entrada de compañías extranjeras, que explotaron indiscriminadamente bosques y mano de obra local.

El 5 de Mayo de 1899, se inaugura el alumbrado eléctrico de Pátzcuaro.

Siglo XX

Durante la Revolución, la Ciudad de Pátzcuaro se constituyó en punto estratégico para tomar la Capital del Estado. El 21 de abril de 1913, alentados los revolucionarios por el triunfo obtenido en Tacámbaro, dispusieron el ataque a Pátzcuaro, donde fueron recibidos con regocijo.

El 9 de agosto del mismo año, habiendo tenido conocimiento el General Amaro, de la caída de Pátzcuaro en poder del gobierno Huertista, marchó a recuperar dicha población. Al no poder los revolucionarios adueñarse de la plaza, se retiraron horas después. La población también fue atacada por el bandolero Inés Chávez García.

En 1920, se inicia la reconstrucción de la ciudad con el criterio de conservar lo indígena y lo colonial. En 1951, con la fundación del Centro Regional de Educación Fundamental para América Latina (CREFAL), por parte de la Organización de las Naciones Unidas, comienza una nueva etapa en la vida cultural de la ciudad.

En 1983, el ayuntamiento constituyó la Presea Vasco de Quiroga, que otorga a personalidades que han contribuido con su trabajo al engrandecimiento de la ciudad, y se entrega el 28 de septiembre.