Durante el periodo prehispánico la península de Baja California estuvo habitada por tribus nómadas llamadas Pericú, Guaycura y Cochimie.

Cuando los españoles arribaron a esta región en 1535, Hernán Cortés se deslumbró ante su belleza y su riqueza en ostras con perlas. El trató de establecer una población, sin embargo la distancia y lo agreste del terreno lo dificultó.

En 1596 Sebastián Vizcaíno arribó a estas costas y les llamó La Paz. Después de varios intentos de colonización fueron los jesuitas los que lograron fundar las primeras misiones. Juan de Ugarte y Jaime Bravo establecieron la misión de La Paz en 1720 y posteriormente fue cerrada en 1749 debido al reducido número de habitantes. Los misioneros sin intención diezmaron la población al introducir la viruela.

El territorio de La Paz fue abandonado hasta 1768 cuando el General José de Gálvez estableció un cuerpo de marina.

A principios  del siglo XX La Paz fue un lugar sin mayores acontecimientos, hasta 1940 cuando una enfermedad acabó con la cama de ostras que había hecho famosa la bahía.

En 1974 La Paz se convirtió oficialmente en la capital de Baja California Sur.