En Huatulco se establecieron los zapotecas.

Este lugar constituía un paso entre los territorios de Zaachila y Tehuantepec. Cuando los aztecas invadieron esta región, la llamaron Cuahtolco, que significa, “Lugar donde se adora la madera”.

Cuando los españoles llegaron a Huatulco, Hernán Cortes pensó que seria un buen lugar que sirviera de base para llegar a Perú y al oriente.

Entre 1526 y 1560 el nuevo pueblo costero se desarrollo como centro comercial. En 1560 la importancia de Acapulco comenzó a aumentar y Huatulco se convirtió en un lugar visitado básicamente por piratas.

En 1587 Thomas Cavendish creo la leyenda de la cruz. El pirata deseaba destruir la cruz de madera localizada enfrente del puerto y sus hombres trataron de llevar a cabo sus órdenes con hachas, sierras y cañones; sin embargo, la cruz permaneció intacta. Esto se considero un milagro y todos se cuestionaron acerca de la cruz.

De acuerdo a la leyenda, la cruz había sido traída por un hombre blanco y barbado vestido de acuerdo a como lo hacían sus ancestros. Aunque la fama de la cruz aumento, la importancia de Huatulco decreció con los años.

En 1983 FONATUR comenzó la construcción del desarrollo turístico. Con lo que dió comienzo a un crecimiento en la infraestructura turística y a su creciente fama como destino turístico.