Parece ser que los primeros pobladores en esta región fueron los Totonacas entre los años 600 y 1000 A. C.

En el año 1000 A. C. los Olmecas se establecieron en la costa y cuando arribaron los Mexicas llamaron el lugar Tlapamacytlan, que significa “Tierra rota”. El nombre viene del hecho de que el Río Jamapa divide la región.

El 17 de julio de 1518 una expedición española comandada por Juan de Grijalva desembarcó en estas playas y los nativos lo saludaron con banderas blancas, pensando que los españoles eran enviados de Quetzalcoatl. Dado este acontecimiento los españoles llamaron el lugar Río de Banderas. Los nativos invitaron a los conquistadores a tener una gran fiesta al día siguiente y el 20 de julio de ese mismo año se celebro la primera misa en territorio mexicano.

En 1609, el Arzobispo dominico Alonso de la Mota y Escobar, decidió cambiar el nombre a Boca del Río, ya que el lugar estaba dividido por el Río Jamapa.

Fue hasta 1988 cuando Boca del Río fue reconocido como ciudad.