Cozumel es una palabra Maya que significa “Tierra de las Golondrinas”, ya que es un ave muy común en la región.

Investigaciones recientes han probado que los primeros pobladores Mayas se establecieron en Cozumel hace aproximadamente 2,000 años.

Los restos de estos días de gloria se encuentran en las zonas arqueológicas de El Cedral, El Caracol y San Gervacio, el centro ceremonial más importante. Durante el periodo posclásico los mayas utilizaron la isla como un lugar para adorar a Ixchel, la diosa de la fertilidad.

En 1518, Juan de Grijalva fue el primer español en llegar a la isla. El siguiente año Hernán Cortés desembarcó en estas costas y conoció al único sobreviviente del naufragio de una expedición anterior, Jerónimo de Aguilar. Cortés llevó a Aguilar con él al resto de la conquista como un intérprete.

Cuando Cortés abandona Cozumel, la antigua civilización estaba ya en ruinas. Adicionalmente, los pocos pobladores que quedaban se vieron infectados con viruela, lo cual casi acaba con la población nativa. Entre 1519 y 1570 la población de la isla disminuyó de 40,000 a 30. Así que la isla permaneció en el olvido siendo solo el refugio de algunos piratas.

Durante la Segunda Guerra Mundial los Estados Unidos construyeron una base aérea en Cozumel y utilizaron sus cristalinas aguas como lugar de entrenamiento de sus hombres rana. Esto dio a conocer las maravillas naturales de la isla.

Más tarde el oceanógrafo Jacques Cousteau proclamó que Cozumel era uno de los mejores lugares para bucear del mundo, lo cual ayudó a colocarla como uno de los mejores destinos de buceo del mundo.