Época Prehispánica

El territorio del estado tuvo un papel muy importante en toda la historia mesoamericana.

Desde épocas tempranas, alrededor de 500 a.C., hay asentamientos de grupos agrícolas en la región de San Juan del Río y Huimilpan. Esta zona formaba parte de la gran red de intercambio que sustentaba al poder teotihuacano.

Cuando se rompe esta estructura, los numerosos pueblos de la región se fortalecen y definen sus elementos principales. En esta etapa de madurez, de 600 a 900 d.C., hay un aumento de población, el comercio y la complejidad social.

A partir del 900 d.C., la región queretana comparte con los pueblos de la franja norteña de Mesoamérica los inicios de un periodo de grandes movimientos de población que culminan con el abandono de la zona. En un lapso de 300 años, las migraciones constantes hacen de la región una zona de tensión. Vestigios de esta cultura se localizan en varios sitios y el de mayor importancia es el del Cerrito, situado en el valle de Querétaro.

Desde el siglo XII la zona queretana se estabiliza en dos grupos: los cazadores recolectores y pequeñas aldeas agrícolas que comparten el territorio. En el siglo XV se altera esta relación por las presiones de los dos imperios en pugna: el mexica y el tarasco; constituyéndose esta zona como un escenario intermedio entre los dos estados.

Se puede decir que la región es mesoamericana en el periodo Clásico y durante el Postclásico va cambiando lentamente para dar cabida a nuevos grupos, probablemente del Norte, como los Pames que practicaban la agricultura en los valles principalmente al momento de la llegada de los españoles. La zona serrana es ocupada por los Jonaces, un grupo de cazadores recolectores.

Con la llegada de los españoles comienzan a establecerse diversos poblados en la región. Específicamente la ciudad de Querétaro se estableció el 25 de julio de 1531.

Las crónicas de este hecho son fascinantes, ya que la tradición menciona que ese día se dio una batalla  en donde los nativos estuvieron a punto de ser los triunfadores y, ante este cambio espectacular, los españoles, Hernán Pérez Bocanegra y Córdoba que se habían aliado con el indio Otomí Conín que era el cacique de Jilotepec, recurrieron al auxilio divino por medio de Santiago Apóstol, quien atento a la evangelización de esta región, acudió en su auxilio, produciéndose un eclipse total de sol que espantó a los habitantes de esta región, y más, cuando vieron volando en los cielos al Apóstol cabalgando en el espacio en un caballo blanco, y una gran cruz rosada de luz.

Ante este hecho, cesó la batalla rindiéndose como estaba pactado y pidiendo solamente que se les construyera una cruz como la que habían visto en el cielo, y es por ello que en el escudo oficial, de la ciudad y del estado de Querétaro, aparece representado este hecho.