Muchos de los zapotecos y mixtecos decidieron vivir fuera de la traza urbana porque de esta manera no pagaban tributo e incluso se les repartieron algunos terrenos y es de aquí que nace el pueblo de la Santísima Trinidad de las Huertas.

La primera capilla que existió fue construida a fines del siglo XVI y a lo largo del tiempo se fueron dando renovaciones y reconstrucciones que dieron por resultado el templo actual.

La fachada está formada por la portada con un arco de medio punto flanqueado por dos pilastras. Cuenta con dos torres con un campanario cada una.

El interior tiene forma de cruz latina y en el presbiterio hay un retablo de estilo neoclásico con dos pares de columnas corintias.