Es mayormente de estilo románico, mudéjar y plateresco, asentada en una construcción prehispánica. Cuenta con una torre mide 29 metros y hay una cruz atrial monolítica.

El coro al interior del templo aún conserva el entramado de madera del siglo XVI. Se destacan las extraordinarias pinturas murales policromadas con escenas de la última cena y de la Virgen.

La capilla abierta es estilo franciscano. Hay un portal de peregrinos. En el interior del convento se destacan las pinturas religiosas con pasajes de la biblia, sin embargo incorporan elementos prehispánicos como: el techichi (perro) que se encargaba de llevar el alma del muerto, la vírgula de la comunicación como símbolo de conversación y un tecolote a cada lado de Cristo.

Actualmente, el claustro alberga el museo arqueológico Tomazquitla que exhibe una colección de piezas realizadas en cerámica, obsidiana, lítica y fibras vegetales.