El sitio fue construido con rocas de origen volcánico y granito que abundan en la región. Se adaptaron al terreno, asentándose en las mesetas que están divididas por arroyos, en donde se pueden distinguir más de 80 estructuras distribuidas en cinco grupos arquitectónicos que abarcan más de 60 ha.

Se destaca el conjunto arquitectónico del Grupo B con una enorme plaza que mide 80 por 70 m. rodeada de tres grandes estructuras.

El Grupo C se comunica con el anterior por una serie de rampas que aprovechan las pendientes del terreno; aquí hay cerca de 30 monumentos escultóricos.

Otra característica distintiva de este sitio es la presencia de una serie de monumentos tallados con motivos antropomórficos y zoomorfos repartidos por todo Iglesia Vieja. Los más conocidos son el Sapodrilo (una especie de cruza entre un cocodrilo y un sapo) y el Altar de las Cuatras Caras (Altar de las Cuatro Caras).

Desde la Estructura C-13 se tiene una increíble vista panorámica del paisaje que rodea el asentamiento, se puede ver la llanura costera, los brazos del río Zanatenco, el estero del Mar Muerte y el Cerro Bernal.