El museo está ubicado en un moderno edificio que fue inaugurado en septiembre de 1984.

Cuenta con tres salas, una se refiere a los pueblos prehispánicos de Chiapas; la segunda abarca aspectos históricos, artísticos y etnográficos desde el siglo XVI a la actualidad y la tercera se ocupa para exposiciones temporales.

En la parte alta, la segunda sala abarca aspectos históricos, artísticos y etnográficos desde el siglo XVI a la actualidad. En ésta sección, se destaca importante colección de arte colonial chiapaneco.

El museo ofrece un auditorio con capacidad para 250 personas en donde se llevan a cabo: presentaciones de libros, conferencias, congresos, conciertos, obras de teatro y proyección de películas, entre otras actividades.