Su propósito fue dar asilo a los misioneros que en su paso a Sierra Gorda caían enfermos.

Fue el lugar donde se velaron los restos de Miguel Hidalgo, Ignacio Allende, Mariano Jiménez, Francisco Javier Mina y Pedro Moreno.

Su fachada es barroca hecha de cantera y en la parte superior tiene tres escudos: de la Merced, San Francisco y Santo Domingo, mientras que en contraste su interior es de estilo Neoclásico.