La Reserva se ubica en la Costa Norte de Nayarit y tiene una superficie de 133,854 ha que incluye una gran red de lagunas costeras salobre, bosques de mangle, pantano, deltas y marismas. Esta área representa entre el 15% y el 20% del total de manglares que existen en el país.

Resguarda ecosistemas típicos de la costa de Nayarit y abarca los municipios de Acaponeta, Rosamorada, Santiago Ixcuintla, Tecuala y Tuxpan. 

En este lugar se mezclan aguas saladas y dulces, formando cuerpos lagunares costeros que son el refugio para cerca de 100,000 aves acuáticas de 446 especies, de las cuales el 40% son nacionales.

Dentro de la vegetación hay selva baja caducifolia, palmar y manglar dentro de la que se destacan el mangle rojo, el mangle negro, el mangle botoncillo y el mangle blanco. 

En cuanto a la fauna aloja 98 especies de mamíferos, incluyendo al jaguar, ocelote, tigrillo y lince, entre muchos otros, 20 especies de reptiles y anfibios, incluyendo la boa, coralillo, cocodrilos de río y tortugas golfina. La reserva es el hogar de 99 especies endémicas y 73 en vías de extinción.

En la parte que comprende del Már de Cortés (258,593 km2), se estima que hay más de 700 especies de peces. 

Dentro de la Reserva se destaca la Isla Jaguar, un lugar que si eres amante de la naturaleza, no te lo debes de perder y que como su nombre lo indica es un hábitat natural de los sorprendentes jaguares.