Bien natural inscrito en 1993 en la lista de Patrimonio de la Humanidad.

El Santuario se ubica en la parte central de la península de Baja California y cuenta con ecosistemas únicos y una gran riqueza en biodiversidad. Además, es una de las áreas protegidas más grandes del país con casi dos millones y medio de hectáreas. Definitivamente es uno de los escenarios naturales más impactantes de Baja California Sur.

La Reserva incluye el ecosistema de sierra (la Sierra Placeres, la Sierra de Santa Clara y la Sierra de San Francisco) las lagunas costeras de Ojo de Liebre y San Ignacio, y los esteros: La Bocana, El Coyote, El Cardón, El Dátil en la Laguna San Ignacio.

Las lagunas que se ubican en la reserva son santuario de las ballenas, alberga impresionantes pinturas rupestres de miles de años de antigüedad y una biodiversidad única y sorprendente, por lo que la Reserva de la Biosfera de Vizcaíno ha sido considerada como Patrimonio de la Humanidad.

Las especies botánicas y animales que habitan la región han desarrollado rasgos especiales para sobrevivir en el severo entorno de planicies erosionadas, sierras y torrentes de lava.

En la alfombra arenosa se pueden distinguir 586 especies de plantas, de las cuales 72 son endémicas. Sobresalen la yuca y el cardo que es el cactus más grande del mundo, algunos con diez toneladas de peso, 20 m de altura y edades que sobrepasan los doscientos años, cactus primitivos, cirios, árboles elefante y chollas, especies que destacan de entre las 4,000 plantas diferentes que existen aquí.

La diversidad de los ambientes físicos y climáticos ha permitido el desarrollo de una vida silvestre muy rica. En la porción terrestre de la Reserva se han encontrado 308 especies de vertebrados terrestres y marinos (excluyendo los peces) de las cuales 4 son anfibios, 43 reptiles, 192 aves como codornices, palomas, carpinteros, queleles y halcones caracara, y 69 mamíferos como pumas, coyotes, venados, borregos cimarrones, berrendos y zorros que se incorporan al paisaje casi de manera imperceptible.

Con 450 kilómetros de litorales cuenta con un ecosistema marino y lacustre muy rico. Aquí se ubican los bancos mas ricos de abulón y langosta de Norteamérica. Además, el Santuario de Ballenas de El Vizcaíno, es el lugar más importante en el mundo para proteger a la población de ballena gris. Este cetáceo viaja 8,000 kilómetros de Chukchi en el Círculo Ártico hasta las Lagunas de Ojo de Liebre y San Ignacio, y durante los meses de diciembre a abril, se aparea y se reproduce.

En el área también se pueden encontrar becerros marinos, leones marinos californianos, elefantes marinos septentrionales, ballenas azules y cuatro especies de tortugas marinas en peligro de extinción.

Cada año nacen más de 1,000 ballenatos en las lagunas, aumentando paulatinamente la población de ballenas grises.

Las lagunas y esteros reciben anualmente miles de aves acuáticas que migran del norte, esta zona es considerada como una de las áreas mas importantes de aves que realizan la ruta migratoria del Pacifico.

Es uno de los lugares más increíbles para practicar el ecoturismo y convivir con la naturaleza contemplando sus impresionantes dunas y sus cactus gigantes.