Se ubica a casi 140 km al norte de la costa de Yucatán, y es un área natural protegida de gran importancia, ya que conforma la estructura coralina más grande del Golfo de México.

Está conformado por numerosos islotes de bancos de coral que componen una forma de media luna, sus playas tienen una belleza extraordinaria con arena blanca y un color que varía del turquesa al esmeralda del mar. Las playas arenosas y la baja -pero densa- vegetación forman un paraíso para la anidación de las aves, de hecho, son el hábitat de enormes colonias de aves marinas del bobo enmascarado y el charrán sombrío.

Los islotes más destacados de este arrecife son: Isla Pérez, la más grande del grupo con 11 hectáreas, cuenta con un faro y es el hogar de miles de aves; se han llegado a detectar hasta más de 100,000 nidos de charranes sombríos y casi 4,000 nidos de charranes bobos, lo que significa las mayores colonias en el continente. La Isla Muertos tiene la mayor colonia de bobo enmascarado en México. Isla Pájaros, es otra isla en donde anidan miles de pájaros de al menos nueve especies entre los que se pueden mencionar: bobo pata roja, bobo café, fragata magnífica, charrán real, charrán de sandwich y la gaviota reidora, entre otras. Isla Desaparecida, que debe su nombre a que se “desaparece” en tiempo de mareas. Otras islas más pequeñas son: Isla Desterrada, Isla Chica e Isla Blanca. 

Adicionalmente, el arrecife Alacranes posee una elevada diversidad biológica y, por lo tanto, es excelente para la pesca.