En Baja California Sur se tienen registradas alrededor de 414 especies de aves endémicas y migratorias.

Cada una de las pequeñas islas es una reserva natural. Uno de los mejores lugares para observar diversas especies de aves es la Isla Espíritu Santo en donde puedes ver el huitlacoche peninsular, el gallito marino, el sarapico de pico largo y la garza blanca y gris, entre otros. También se pueden ver algunas aves migratorias como los borregones, pelicanos blancos y gansos de collar.

Entre las especies más comunes de la región se pueden citar: halcones, trogloditas, carpinteros, correcaminos, colibrí de xantus y gray thrasher.

A lo largo de las costa se pueden ver pato buzo, el canadiense de cuello verde y el pelícano albino canadiense.

En la parte más alta de la Sierra de la Laguna, justamente en la laguna se pueden ver aves como: el halcón peregrino (falco peregrinus), el negro (parabuteo unicinctus) y el cola roja (buteo jamaicensis), queleles, gavilanes, lechuzas y búhos. Entre los endémicos esta el colibrí xantus (hylocharis xantusii), conocido solamente en esta sierra.

Bahía Magdalena, cerca de Comondú es uno de los lugares más importantes de arribo de aves acuáticas migratoria de toda la costa del Pacífico.