La Península de Yucatán cuenta con 548 especies de aves, de las cuales 224 se ubican en Cozumel.

La Isla cuenta con 19 especies y subespecies endémicas, dentro de las que se destaca: el cuitlacoche Cozumeleño, el colibrí esmeralda de Cozumel, la tángara yucateca y el chipe amarillo.

Adicionalmente, Cozumel recibe la visita cada año de más de 80 especies diversas de aves migratorias que se refugian del invierno en las lagunas y costas de Cozumel, como: colirrojo americano, el chipe flameante, cebrita, chipe de garganta amarilla, la espátula rosada, la diversidad de patos canadienses y el ibis, entre otras.

La época para observar las aves migratorias va de octubre a marzo.