La iglesia, de cruz griega, presenta semejanzas estructurales con la de El Sagrario de México. 

En el exterior, dos torres de cantera gris flanquean su única entrada. Su fachada contrasta su portada de cantería de un sobrio estilo neoclásico con los muros revestido del tradicional ladrillo y azulejos de talavera con los que están conformados brillantes tableros que reproducen imágenes de santos.

Como la iglesia fue concluida en el siglo XIX los altares son de esta época. Sin embargo, se pueden contemplar algunas pinturas coloniales en su interior, entre las que destacan las escenas de la vida de san Juan Nepomuceno y las de la vida de la Virgen, ambas firmadas por Miguel de Mendoza.