El inmueble que alberga al museo es considerado uno de los edificios públicos más antiguos en funcionamiento de Baja California.

A fines del siglo XIX fue ocupado por la Compañía Americana con el objeto de vender lotes en Ensenada y posteriormente fue la Aduana Marítima. El edificio es de estilo victoriano y fue construido en Inglaterra y traído para ser ensamblado en el puerto.

El museo exhibe datos y piezas históricas sobre el Galeón de Manila encontrado en las costas del Pacífico en la península de Baja California. El naufragio esta fechado entre 1574 y 1576.

La exposición esta complementada con juegos interactivos.