Posteriormente fue objeto de importantes transformaciones a lo largo del siglo XVIII debido principalmente a dos fuertes terremotos, el de 1667 que lo deterioró de tal forma que fue necesario que se le añadieran contrafuertes y estribos en el muro que da a la calle; y el segundo en 1711 que produjo también daños considerables.

Del templo destaca su hermosa cúpula semiesférica, con lucernas y cuatro nervios, revestida de azulejos. 

Desde la primera mitad del siglo XIX conserva en uno de sus altares la famosa imagen de San Antonio, que ayuda a sus devotos a encontrar el amor. 

El claustro se ha conservado y funciona actualmente como colegio.

A lo largo de la calle 6 Oriente, y de otras calles aledañas, se ubican diferentes dulcerías; algunas de ellas recogen la tradición de las clarisas.