Fundado en 1524 fue el primer hospital en América. 

Hernán Cortés ordenó su construcción para prestar ayuda a los soldados heridos en las guerras de conquista y para agradecer a Dios por su victoria sobre los Aztecas.

Originalmente fue conocido como el Hospital de la Inmaculada Concepción hasta que la Iglesia de Jesús de Nazareno fue construida junto y de ahí tomó el nombre de Jesús.

Aquí se encuentran los restos del conquistador. En sus afueras hay una placa de piedra que marca el lugar en donde se encontraron Moctezuma II y Hernán Cortés. 

La construcción de este edificio de estilo renacentista comenzó en 1587 y se terminó en 1622. Se edificó en el mismo lugar que ocupó anteriormente la capilla de Aránzazu que se ubicaba en el atrio del convento de San Francisco. 

La iglesia actual se inauguró  en 1897 y fue reconstruida por el sacerdote Antonio Plancarte y Labastida. El pedestal que está sobre el altar mayor y que soporta al Santo fue fabricado con piedras de los templos que se destruyeron durante la guerra de Reforma. 

En su interior, en el altar principal hay una maravillosa escultura de la Virgen del Apocalipsis y en el coro hay un mural de Clemente Orozco con el mismo nombre, que se realizó entre 1942 y 1944.

Dentro del edificio del hospital se encuentran unos murales de Antonio González Orozco en donde se describe el encuentro entre Moctezuma II y Hernán Cortés, así como la historia de la medicina.