En los terrenos que ocupa este Templo, estuvo el zoológico privado del Emperador Moctezuma, conocido como la casa de las fieras.

Después de la conquista Hernán Cortés cedió el espacio a la orden de frailes franciscanos, quienes edificaron un convento de grandes dimensiones, 32,490 m2, de oriente a poniente abarcaba las que son hoy las calles de Bolívar hasta Eje Central Lázaro Cárdenas; y de norte a sur de Av. Madero a Venustiano Carranza. Este convento fue el primero y más grande de su género en la capital, llegó a ocupar casi 33 mil metros cuadrados.

El 15 de septiembre de 1856, un decreto del gobierno suprimió el convento y sus bienes fueron declarados propiedad de la nación. Se fraccionó el predio y se vendió a diversos particulares. El claustro menor fue acondicionado como templo metodista en honor a la Santísima Trinidad. 

La construcción actual data de 1710 y muestra una espléndida fachada churrigueresca. Se destaca también el retablo del altar mayor obra de Jerónimo Antonio Gil.