Fue construida en 1592 al fundarse el poblado de San Esteban en la Nueva Tlaxcala.

Este poblado estaba habitado por tlaxcaltecas, por lo que es considerada de los edificios más antiguos de la ciudad. 

En 1847 fue habilitada como hospital durante la batalla de la Angostura.

De la construcción original todavía se pueden apreciar dos columnas de piedra en su interior. 

En general la iglesia es austera, ya que reflejaba los lineamientos de los franciscanos.