Se le atribuye al arquitecto Carlos García Durango.

En la fachada del templo se destacan las estrías onduladas de las columnas que dan una sensación de movimiento en la piedra gris. Éste es uno de los distintivos de la arquitectura barroca mexicana.

Sus torres originales fueron derribadas durante el asedio que sufrió la ciudad en 1856 y fueron reconstruidas en este siglo a partir de una antigua litografía de la iglesia.

La gran fachada de estilo plateresco es de basalto gris, mismo que contrasta con las pequeñas estatuas de ángeles de yesería en medio de las columnas. En la parte superior, enmarcado entre dos relieves, se puede ver el emblema de la catedral, un jarrón florido, así como un magnífico relieve en mármol que representa a San Juan escribiendo el Apocalipsis.

El interior del templo está revestido de relieves de yesería semejantes a los de la capilla del Rosario, aunque estos están sin dorar. También es de llamar la atención su púlpito cubierto de ónix.

En San Cristóbal se conservan las mejores esculturas de los famosos Coras, el viejo y el mozo, extraordinarios talladores poblanos. Dentro de las esculturas más relevantes se pueden mencionar las de San José, San Joaquín y Santa Ana.