Su construcción se inició en 1653-1658 y fue ordenada por el obispo Barrientos Lomelín, como casa de descanso. 

La fachada del santuario da la impresión, a primera vista, de ser muy sobria pero al empezar un recorrido por el interior se observa una basta decoración que conjunta los estilos neoclásico y neogótico. 

En el altar mayor del  Santuario de Guadalupe se encuentra  un grandioso ciprés creado por el reconocido maestro Benigno Montoya.

Se dice  que dentro del templo en el presbiterio se encuentran depositados los restos de varios insurgentes que acompañaban al cura Miguel Hidalgo al momento de ser aprehendido, entre ellos los ilustres soldados Mariano Belleza, Pedro Bustamante, Carlos Medina, Ignacio Hidalgo, Bernardo Conde, Ignacio  Jiménez; todos ellos fueron fusilados en la ciudad de Durango el 17 de julio de 1812.