Es uno de los tres templos católicos más antiguos del valle de México. 

Su construcción se inició en el siglo XVI, cuando Hernán Cortés donó algunos terrenos a la orden de los frailes franciscanos para construir un convento, el templo y el huerto que ocupaba lo que actualmente se conoce como el Parque de Coyoacán, en donde aún se conservan los arcos de la entrada del atrio del convento.

También se conservan algunos elementos del templo como la planta basilical, su fachada plateresca y el vestíbulo o sotocorro de tres naves. 

A principios del siglo XIX cuando una epidemia de cólera azotó la zona, el gran atrio sirvió como cementerio; ahora solamente queda un pequeño cementerio al cual se puede acceder desde un lado de la iglesia.

En 1933 se restauró el interior de la Parroquia, incluyendo los pilares, las figuras y los altares se recubrieron con lámina de oro. Los pasillos se decoraron con pinturas, al igual que la bóveda principal quedando terminada la remodelación en 1944.

Se destaca la crujía del coro y el hermoso retablo barroco de finales del siglo XVII que conserva la Capilla del Rosario.