La actual sede del Poder Ejecutivo comenzó a construirse en 1740 y fue concluida en 1770 por el entonces corregidor de Querétaro Martín José de la Rocha y Lans.

Este edificio marca un punto culminante en la historia de México. Aquí vivieron el corregidor de Querétaro, don Miguel Domínguez y su esposa doña Josefa Ortiz de Domínguez quien, que organizaban reuniones culturales en donde en realidad se fraguaba un movimiento independentista.

Josefa Ortíz de Domínguez tuvo un papel primordial en el movimiento independentista y por lo tanto esta casa también tiene mucha historia. A riesgo de perder su libertad, envió desde aquí por medio del alcalde Ignacio Pérez, el mensaje que provocó el inicio de la lucha por la Independencia.

En 1856 el General Tomás Mejía ocupó el Palacio para apoyar la causa conservadora. En 1867, Maximiliano de Habsburgo condecoró aquí a los oficiales leales al Imperio . Y en 1821, una vez concluida la Guerra de Independencia, se convirtió en Palacio de Gobierno, función que ha conservado hasta nuestro días.

En su interior se destacan unos magníficos murales realizados por el artista Víctor Cauduro. En las pinturas se narran pasajes de la historia del país.