Se aloja en el edificio del Ex Convento de San Francisco que data del siglo XVI.

Este convento fue un importante centro de evangelización de la región.

El museo cuenta con sala de arqueología, en donde se exhiben fotografías, maquetas, utensilios y vasijas provenientes de las zonas arqueológicas de la entidad.

La siguiente sala está dedicada a las costumbres y etnias en el estado, con fotografías, trajes típicos y artesanías.

La Sala de Historia Virreinal exhibe el cuerpo momificado de una mujer encontrado en el convento de Santa Clara, varias pinturas religiosas y muebles antiguos; mientras que en la sala de Querétaro en la historia mexicana, se puede observar la mesa barroca en la que se firmó el tratado de Guadalupe en 1848.

Cuenta con una sala de exposiciones temporales y a auditorio en donde se llevan a cabo conciertos, conferencias y algunos otros eventos culturales.