El edificio donde hoy se encuentra el museo data del siglo XVIII.

Forma parte del conjunto de edificios que comprenden el patrimonio arquitectónico de la ciudad de Colima.

Su exhibición comprende la época prehispánica, la Colonia, la Independencia y la Revolución.

En la planta baja se localizan siete salas de arqueología donde se exponen piezas de una de las culturas mesoaméricanas más antiguas, la cultura Capacha. También muestra la relación del Volcán y la vida cotidiana, el rito de la muerte, la zoología fantástica y la autorepresentación e identidad del mundo prehispánico.

La planta alta con ocho salas trata los siguientes temas: Tierra, Mar, Cielo, Seda (2 salas), Fierro y Manta (2 salas).