El Museo tiene como sede una casa construida en 1901 por el maestro Refugio Reyes Rivas, conocido por su estilo ecléctico.

Cuenta con nueve salas en donde se exponen temas de: Paleontología, con una exhibición de fósiles endémicos; Arqueología donde se habla de los grupos prehispánicos de la región; Conquista, con temas como la guerra chichimeca, la ruta de la plata y el camino real de tierra adentro; e Historias de fe, que aprovechando la capilla de la casa, hace un recuento de la importancia cultural y evolución de la religiosidad.

El museo ofrece visitas guiadas, talleres educativos y cursos de verano. También se organizan exposiciones temporales, conciertos y conferencias. El segundo patio se utiliza como foro al aire libre.