El museo cuenta con más de 1,200 piezas que muestran las características antropológicas y paleontológicas de la península.

A lo largo de sus cuatro salas se pueden ver: fósiles, petroglifos, fotografías de las pinturas rupestres y misiones, así como artesanía regional.

Cuenta con un jardín etno-botánico, un área con exhibición de piezas pertenecientes a la cultura mesoamericana, una biblioteca especializada y el Ágora de La Paz en la que se imparten conferencias y talleres.