Se ubica en el Antiguo Colegio Jesuita de San Francisco Javier en el Pueblo Mágico de Tepotzotlán.

El inmueble fue totalmente restaurado y es una joya en sí mismo.

En el recorrido puedes ir descubriendo los espacios que están ambientados como la época virreinal puedes conocer un poco más de la vida cotidiana de las personas que lo habitaron.

Cuenta con 22 salas en donde se muestran piezas y objetos que abarcan desde la conquista hasta el comienzo del movimiento de Independencia. Hay cuadros, esculturas, cerámica y textiles, entre otros.

Dentro del museo se encuentra el templo de San Francisco Javier, uno de los pocos en el país que se conservan tal como fueron concebidos originalmente. Higinio de Chávez y Miguel Cabrera fueron los que diseñaron los increíbles retablos en el siglo XVIII.