Forma parte del centro urbano Plaza Juárez, un conjunto arquitectónico localizado frente a la Alameda.

Su moderno diseño se integra con sus alrededores y en su interior el espacio se despliega en torno a un patio central techado.

El recorrido inicia en el último nivel, a partir del cual se baja en espiral para ir visitando las distintas salas donde se tratan los temas más oscuros de la humanidad a través de videos, maquetas, pertenencias originales de las víctimas, destacándose un vagón de tren donde eran llevados los prisioneros judíos a los campos de exterminio nazi.

Hay un enorme cubo flotando en medio del vacío del patio, revestido de patrones vegetales diseñados por el artista Jan Hendrix. En su interior, alberga el “Memorial de los Niños”, espacio destinado a la reflexión sobre el potencial perdido de todas aquellas personas que no pudieron continuar su vida.

El tercer nivel está dedicado a la tolerancia.

El museo ofrece talleres, exposiciones temporales, biblioteca, auditorio, librería y cafetería.