Esta alojado en un edificio histórico que data de 1890.

Este inmueble anteriormente se utilizó como cuartel militar, después hotel y más tarde como casa habitación.

El museo esta considerado por National Geographic dentro de los 5 Museos Étnicos más importantes del mundo y consta de 11 salas que cubren el conocimiento general del mundo yaqui, incluyendo su territorio, fiestas tradicionales, música y danza, etnografía, gobierno y medicina tradicional.