El museo cuenta con una colección de más de 200 fósiles encontrados en el estado de Chiapas.

La antigüedad de los mismos oscilan entre los 300 millones de años y los 10 mil años.

Cuenta con varias áreas de exhibición: Jardín prehistórico, el universo de la paleontología, fósiles de Chiapas, laboratorio de exhibición, ambientes antiguos de Chiapas y sección de ámbar.

En la sala principal se destaca la reconstrucción de un megaterio y en la Sección de Ámbar, se muestran diversas piezas de esta resina fósil, algunas de ellas con insectos y arañas dentro del ámbar.