Se ubica en el Palacio de la Inquisición, un edificio que data de 1736. 

Este edificio fue construido por el arquitecto Pedro de Arrieta, y desde 1736 hasta 1813 fue la sede de la Santa Inquisición o Tribunal del Santo Oficio. 

Es una construcción sólida y majestuosa con un pórtico en estilo grecorromano. Sobre la entrada principal, en el frontón, se puede observar el escudo de la Santa Inquisición soportado por dos ángeles. 

El edificio contaba con salas de audiencia, juzgado, capilla, cámara del secreto y otras habitaciones y aposentos. 

En 1879 el arquitecto Luis G. Anzorena le agregó un tercer piso. A lo largo del tiempo el inmueble ha sido destinado a diferentes usos: lugar de bailes públicos, plantel del Colegio Militar, cárcel para reos políticos y militares y, desde 1847 hasta mediados de este siglo, sede de la Escuela Nacional de Medicina.

Cuenta con 24 salas que hablan sobre la embriología en donde se muestran fetos humanos; la medicina prehispánica con información de todas las hierbas que han sido utilizadas para la sanación.

También cuenta con un jardín botánico con más de 50 especies y con explicación de sus propiedades curativas y una botica del siglo XIX.