Esta alojado en un edificio construido en 1930 que anteriormente fue uno de los primeros hoteles de la isla.

Una vez venerada por los mayas como destino religioso, la historia moderna de la Isla de Cozumel inicio como un centro de navegación prehispánica y de comercio. Con la llegada de Juan de Grijalva y Hernan Cortés en el siglo XVI, la Isla de Cozumel fue posteriormente utilizada como abrigo por los piratas y fue un sitio de refugio para aquellos que huían de la Guerra de Castas. Las anécdotas y escenas de estos periodos se encuentran en exhibición.

El museo muestra el pasado histórico y el presente de Cozumel a través de cuatro salas de exhibición: La Isla, que presenta de manera detallada la semblanza del origen y evolución geológica de la isla; El Mar, donde se presenta el ambiente submarino, explicando la formación de los corales; Historia y Arqueología, en donde se exhiben diversos artículos prehispánicos y se narra su importancia como santuario de Ixchel; y Cozumel Contemporáneo que muestra la historia de la isla durante el siglo XX.

Hay también 2 salas de exposiciones temporales, una Salita Maya, una Casa Maya y una biblioteca pública.

La sutil iluminación da vida a toda la muestra y a lo largo de todo el museo encontrarás dioramas, esculturas, mapas y mucho más.

En el Museo hay guías bilingues, tienda de libros, librería, “snak bar”, artesanías, servicios de internet y baños.