Este maravilloso museo se localiza en la parte posterior del antiguo templo de la Virgen de Guadalupe y fue inaugurado el 12 de octubre de 1941

El Museo de la Basílica alberga más de 5,000 piezas relacionadas con el arte sacro y religioso que van del siglo XVI al XXI. De hecho, cuenta con el mayor acervo a nivel nacional de objetos relacionados con el tema guadalupano o mariano.

Cuenta con 16 salas y su colección incluye pintura sobre lienzo, escultura policromada, escultura en mármol y marfil, grabados, libros; textiles (estandartes, tapices, gobelinos y vestimentas litúrgicas) orfebrería, mobiliario de origen mexicano, latinoamericano y europeo, así como una gran cantidad y más de 2,000 exvotos guadalupanos que mayormente pertenecen al siglo XIX y XX.

Se destacan algunas obras de importantes artistas novohispanos como: Matías de Arteaga y Alfaro, Cristóbal de Villalpando, Nicolás Rodríguez Juárez, José de Ibarra y Miguel Cabrera, entre otros.

Además se pueden observar algunas medallas militares, anillos de compromiso y joyas con la figura de los milagros recibidos.

Es importante mencionar que el edificio en sí es un bello edificio y un recinto histórico, por ejemplo la Sala Abacial era donde los antiguos abades recibían a destacados invitados y ahí se conservan los muebles originales. Otro ejemplo es la Sala de Arcángeles en donde se observan pinturas relacionadas justamente con los arcángeles o bien la Sala Cristológica con una exhibición que se relaciona con Jesús.