Se ubica en el claustro del antiguo Convento de San Francisco que fue construido en 1528.

En sus cuatro salas hay una interesante exhibición de piezas arqueológicas de las culturas tolteca, teotihuacana y azteca, así como piezas de la zona arqueológica llamada Xihuingo. Se destacan los utensilios usados en la vida cotidiana.

La primera sala es para exposiciones temporales.

La segunda sala muestra piezas de Mesoamérica de la época Preclásica.

La tercera sala exhibe una excavación arqueológica con parte del sistema hidráulico que utilizaban los frailes en el siglo XVI, así como otras piezas como pinturas de la época virreinal.

La cuarta sala narra la importancia que tuvo la religión entre los mexicas.