A 31 kilómetros de la misión de Loreto, en medio de la imponente Sierra de la Giganta, se ubica esta hermosísima misión.

Se fundó el 10 de marzo de 1699 por Francisco María Píccolo, aunque en esa fecha sólo había una capilla de adobe y una casa cural. En 1744 el padre Miguel del Barco comenzó la construcción de la imponente obra que incluía la iglesia de cantera, una fuente, la sacristía, un cementerio, la casa para el misionero y jardines exteriores, y le llevó catorce años de arduo trabajo concluirla. 

La misión se convirtió en una pieza clave en el proceso de colonización de las Californias.

Se le considera “la joya de las misiones de Baja California” por su bella e imponente arquitectura y por el perfecto estado de conservación en que se encuentra. Su fachada es de estilo barroco, donde destacan la bella puerta de arco conopial, los ornamentos en la ventana del coro y los sencillos contrafuertes que la enmarcan. 

En su interior conserva un magnífico retablo de estilo barroco estípite, de madera tallada y dorada, dedicado a San Francisco Javier cuya imagen se acompaña de cinco excelentes óleos con imágenes religiosas, así como estatuas de San Francisco Javier y Nuestra señora de Guadalupe y un crucifijo, todos del siglo XVIII. 

Actualmente muchos de los creyentes acuden pagando mandas y entran de rodillas desde La Cruz de Calvario, monumento ubicado a cercanías de la misión.

Contiguo a la misión se encuentra el pintoresco poblado de San Javier.

¿Quieres visitar una de las iglesias jesuitas mejor conservadas de la Baja California? Realiza el Tour a la Misión de San Javier que incluye  el cementerio anexo al templo, los huertos frutales y el jardín de olivos más antiguo de la región.