Fue parte del Convento de San Juan que fue fundado en el siglo XVI. 

También es conocida como Iglesia del Buen Tono, ya que durante el siglo XIX fue parte de la fábrica tabacalera que tenía ese nombre. 

En 1911 el templo original fue demolido para construir la iglesia actual con una marcada influencia francesa. Para la construcción se trajeron linternillas y vitrales de Francia, aunque el órgano tubular fue fabricado en el Reino Unido.

En frente se ubica la Plaza de San Juan que durante la época prehispánica era conocida como “Moyotlán” y en la colonial alojó un tianguis comercial. 

En uno de sus extremos se ubica el famoso Mercado de San Juan.