Es una obra franciscana construida de 1596 a 1660, dirigida por Fray Francisco de Torantos. 

En 1732 se fundó dentro del convento el Colegio Apostólico de Propaganda Fide, función que conservó hasta 1861 cuando debido a las Leyes de Reforma los religiosos tuvieron que abandonar el convento. Más tarde se utilizó como escuela, cuartel, cárcel y hospital civil. 

A partir de 1984 el Museo de la Fotografía se establece en los anexos del convento. En 2010 el convento se rehabilita y se remodela. En el claustro bajo se albergan oficinas del INAH en Hidalgo y el Museo de Sitio de San Francisco, junto con la Sala de exposiciones Toltecas y la Biblioteca Antonio Peñafiel, especializada en antropología e historia.

Se destaca su fachada de color blanco con algunos remates de estilo barroco. Su capilla principal es la de Nuestra Señora de la Luz construcción del siglo XVIII con un claro estilo churrigueresco y que cuenta con esculturas de santos de la orden franciscana.

En el interior, en la zona del coro, se puede admirar una pintura al óleo que representa a la Asunción, la cual está conservada en perfecto estado. 

La capilla tiene un retablo de color blanco y oro adosado de estilo churrigueresco, único en Pachuca. En su parte superior hay un nicho con la imagen de San Francisco.

En la sacristía se conserva un juego de lavamanos hechos en piedra tallada y se pueden admirar varias pinturas del siglo XVIII.