Fue construido sobre las ruinas del templo de Quetzalcóatl en un estilo neoclásico por manos indígenas bajo la dirección de Fray Toribio de Alcaraz.

Consta de capillas, barda atrial, el templo, el atrio, el claustro, la Capilla de los Naturales y la Capilla de la Tercera Orden.

La Capilla Real o de los Naturales se construyo antes del convento, en 1540, y su fin era adoctrinar a los indígenas. Su construcción tiene rasgos moriscos y cuenta con un asombroso techo conformado por 49 cúpulas que cubren las siete naves del templo. Se destaca la pila de agua bendita que data del siglo XVI.

La Capilla de la Tercera Orden es más modesta pero tiene una bella fachada barroca. En el interior sus altares son de estilo neoclásico y la cúpula esta adornada con pinturas de franciscanos notables.

Dentro del claustro se destacan algunos frescos de la época colonial y la pintura que retrata un pasaje de San Francisco de Asís, además todavía se conserva parte del piso original.

En la portería del convento hay una pequeña galería de Arte Sacro donde se presentan algunas piezas de arte religioso.