Ésta es una de las construcciones más significativas de todo el Pueblo Mágico por su majestuosa arquitectura que recuerda una fortaleza. 

Fue fundado por Vasco de Quiroga en 1540 como hospital de Santa Marta y fue él mismo el que pidió que se elaborara una virgen con la técnica de la pasta de caña de maíz. La imagen fue consagrada y llamada la Virgen de la Salud. Esta imagen permaneció en el Sagrario hasta 1908 cuando fue movida a la Basílica de Pátzcuaro.

La construcción del Sagrario comenzó en 1603 y a lo largo de los años se fueron agregando diversos elementos decorativos que hasta la fecha se pueden apreciar. 

En terrenos aledaños, alzaron su convento las monjas catarinas en lo que ahora se conoce como Casa de los Once Patios.

Se distingue por su arcada exterior que componen su muro exterior, sin embargo en su interior cuenta con un altar que es una joya del barroco.