Originalmente fue convento de jesuitas, pero en 1767 cuando fueron expulsados, el edificio que en ese entonces contaba con una sola planta fue  abandonado. Años después fue escuela primaria y cuartel militar.  

En 1855 fue sede del seminario conciliar, en 1861 se inaugura el Instituto Científico y literario y en 1923 se convierte en Universidad Autónoma.

La fachada actual fue modificada totalmente durante el Profiriato y se añadió el segundo piso.