El conjunto fue considerablemente mejorado en 1685, pero fue en 1759 cuando el arquitecto español Juan Manuel Villagómez modifica nuevamente el templo, añadiendo el bello altar mayor en estilo barroco y sus dos altares laterales. En la época de la reforma fue severamente dañado y el conjunto fue fraccionado.

En el interior se destaca una escultura dedicada al Señor del Perdón, que parece ser de origen guatemalteco, así como la imagen de Nuestra Señora del Carmen que data del siglo XVI y que esta colocada en el nicho principal del retablo del presbiterio.

En el siglo XIX los retablos barrocos fueron sustituidos por altares de cantera de estilo neoclásico. En el altar mayor se destaca una magnífica imagen de Nuestra  Señora del Carmen y dos murales pintados a principios del siglo XX por Candelario Rivas, pintor zacatecano.

En la última restauración se recuperaron los azulejos originales del siglo XVIII de las cúpulas y de la torre.