Fue construido entre 1540 y 1550, por lo que es el primer edificio de culto religioso de Querétaro. Desgraciadamente, de estas primeras construcciones no ha permanecido nada.

Perteneció a los religiosos franciscanos y fue uno de los conventos más importantes de la Nueva España, convirtiéndose en el centro de desarrollo urbano y económico de la ciudad en el siglo XVII.

Hasta mediados del siglo XIX el conjunto religioso incluía un templo, cinco capillas, un cementerio y un huerto. Sin embargo, durante la Guerra de Reforma, las capillas fueron demolidas.

El templo de San Francisco fue catedral de Querétaro entre 1865 y 1922 y el edificio del convento que se conserva con dos niveles y cuatro patios en donde se puede apreciar el estilo barroco sobrio, aloja actualmente al Museo Regional.

El templo tiene una sobria fachada elaborada en cantera en estilo barroco con elementos como los escudos de armas de don Luis Tovar, benefactor del templo y un par de columnas en ambos cuerpos que están rematadas por un bello relieve del Señor Santiago a caballo. La monumental torre es de tres cuerpos y ostenta una ornamentación de estilo barroco.