En 1616 sufrió severos daños debido a un terremoto, por lo que fue abandonado durante muchos años. Después de algunos años fue reconstruido y en 1696 sobrevino otro terremoto y se colapsó completamente.

En el periodo que va de 1728 a 1744 el templo fue nuevamente reedificado y el obispo Ángel Maldonado propuso anexarle un convento para albergar a las madres de la congregación de capuchinas.

En 1893 el Ex Convento fue adquirido por el Arzobispo Gillow y se convirtió en un asilo de ancianos y de huérfanos. Durante la Revolución, funcionó como hospital y en 1947 se realizó su restauración para transformarlo en la Escuela de Bellas Artes que depende de la Universidad Autónoma de Oaxaca.

La disposición arquitectónica del templo es en forma de cruz latina. La fachada del convento es de estilo barroco con una mezcla de diferentes motivos vegetales de origen popular.

En el interior presenta una ornamentación sencilla pero elegante.