Su construcción estuvo a cargo de los franciscanos y comenzó en 1667. 

Después de varias destrucciones de este templo por inundaciones, se finaliza su construcción en 1784. 

Su fachada labrada en cantera rosa es un bello ejemplo del estilo churrigueresco. 

El templo tiene la forma de cruz latina y se ubica frente al Jardín Unión, también conocida como la Plaza de San Diego, en la cual, durante la época de la colonia, se establecía el famoso tianguis. 

En su interior cuenta con una importante colección de pinturas del siglo XVIII y la imagen del Cristo de Burgos, donada por el Conde de Valenciana. Se destaca la imagen de la Purísima Concepción que data de 1735. 

Su órgano es de estilo barroco y fue construido en la segunda mitad del siglo XVIII.